代建工程 完工房屋抵款问题

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我房地产开发公司受xx单位委托建造1栋职工住宅（属职工集资建房，1-2层位商业铺面，3层以上为职工住宅），土地是属xx单位划拨的，所收的建设款都是直接收的该单位职工集资的钱。我公司房屋建造完工后，根据合同约定，工程款还欠1000W，该单位无力支付，我公司将该单位起诉法院后，法院判决该栋楼的 地下室及1-2层楼的所有权抵付尚欠工程款，我公司办理了该房屋 地下室及1-2层楼的房产证。
请问下，该房屋 地下室及1-2层楼  该如何进行账务处理？