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纳税人被税务机关查补的税款就实质而言应该是纳税人逾期未缴或少缴的应缴税款。根据《中华人民共和国税收征收管理法》（以下简称《征管法》）及其实施细则的有关规定，除因税务机关的责任，致使纳税人、扣缴义务人未缴或少缴税款的及纳税人骗取的出口退税外，税务机关追征纳税人逾期未缴或少缴的税款，必须加收滞纳金。但由于现行法律、法规或规范性文件中涉及税收滞纳金制度具体操作办法的内容并不多，除《征管法》及其实施细则中有关于加收滞纳金的原则性规定外，还有国税函[1998]291#《国家税务总局关于偷税税款加收滞纳金问题的批复》对加收滞纳金的有关问题作了具体规定，当前税务稽查工作中查补税款加收滞纳金这一具体执法行为上存在的诸多问题也就在所难免。
一、加收程序不合法
《征管法》第三十二条规定：纳税人未按照规定期限缴纳税款的，扣缴义务人未按照规定期限解缴税款的，税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。可见“责令限期缴纳”是加收滞纳金的必经前置程序。而当前实际工作中查补税款加收滞纳金大多是没有经过“责令限期缴纳”这一程序的，往往是经审理形成《税务处理决定书》后，在《税务处理决定书》中只说明按日加收万分之五的滞纳金，没有明确具体金额，然后送达纳税人履行。
二、滞纳天数难确定
滞纳天数是计算滞纳金的关键数据。正常申报的税款发生滞纳，滞纳金计算很简单，滞纳之日与实际入库之日之间相隔的天数即为滞纳天数。查补税款就不那么简单了！就算检查人员通过不厌其繁的工作把纳税人偷逃的每一笔税款的滞纳日期都确定，而滞纳日到实际入库日之间的这一段时间又怎么能完全认定为滞纳天数？其中，从送达检查通知书之日到税务处理决定书上规定的查补税款缴纳期限，这一段时间的长短是由税务机关决定的，而税务机关稽查时间的长短常常受诸多客观因素的制约，算不算滞纳金或者是算多少天数也难以确定。
三、计算过程太复杂
确定查补税款加收滞纳金的两个决定因素是滞纳税额和滞纳天数。根据现行有关税收政策、法规的规定，查补税款加收滞纳金，要将查补的税额按各税种的纳税期限分解到各个纳税期，再根据纳税期的时间来确定滞纳天数。而实际工作中，查补税款纳税期限有时是难以确定的，检查人员为了减少检查的工作量，提高稽查效率，往往是对某个同类项目进行汇总计算，很少划分到每一个纳税期。如果纳税人设账外账偷税，而其所记的是一本流水账，则很难具体分解到每一个纳税期，因此，在实际检查工作中，由于滞纳税税额和滞纳天数的确定麻烦，滞纳金的计算过程也就太繁，难免会出现计算错误的问题。
综上所述，当前税务机关对查补税款加收滞纳金这一执法行为中，程序上存在缺陷，且由于滞纳天数难定、滞纳税额的所属期难分、计算过程过于繁琐，容易出现几个人计算就有几个不同结果的情况。这种情形下，如果纳税人提起复议或诉讼，税务机关难以提供加收滞纳金的合法而有力的依据，极易陷入尴尬境地。而只要是没有依据的、违反法定程序的或计算错误的，无论滞纳金是多还是少，都是违法的，也是无效的。
个人认为，查补税款滞纳金问题可以这样处理：按照税务机关的《税务处理决定》规定的缴款期限缴纳查补税款的，不加收滞纳金；超过期限缴纳的，从《税务处理决定》上规定的缴款期限的次日起加收滞纳金。这样处理的理由是：
1、于法有据，避免败诉。其法律依据是《征管法实施细则》第七十五条，即税务机关作出的税务处理决定书上规定的入库期限，可视为税务机关依照法律、行政法规的规定确定的税款缴纳期限，同时也是责令限期缴纳的期限，滞纳加收的程序上合法。
2、简化计算，提高效率。现行的查补税款滞纳金的计算方法过繁而无多少实际意义，费时费力，容易出错，而一旦出错，有可能让税务机关的执法行为因一个无关紧要的环节而从主动变为被动。
3、不影响税务稽查的打击职能。虽然对按照税务机关在《税务处理决定书》上规定的缴款期限缴纳查补税款的不加收滞纳金，但税务机关可以加大对纳税人违法行为的处罚比例，来弥补少收滞纳金造成的国家财政收入的损失；纳税人也绝不会因此而有意偷逃或滞纳税款来支付过多不必要支出的罚款。
