企业以房地产进行投资的，在计算投资人纳税额的问题上，根据不同税种其处理有所不同，具体内容如下：
一、营业税
《营业税税目注释（试行稿）》（国税发[1993]149号）第八条规定“以无形资产投资入股，参与接受投资方的利润分配、共同承担投资风险的行为，不征收营业税。但转让该项股权，应按本税目征税。”以及第九条规定“以不动产投资入股，参与接受投资方利润分配、共同承担投资风险的行为，不征营业税。但转让该项股权，应按本税目征税。”
此后，《财政部 国家税务总局关于股权转让有关营业税问题的通知》（财税[2002]191号）文规定“一、以无形资产、不动产投资入股，参与接受投资方利润分配，共同承担投资风险的行为，不征收营业税。二、对股权转让不征收营业税。三、《营业税税目注释（试行稿）》（国税发[1993]149号）第八、九条中与本通知内容不符的规定废止。”也就是说，对国税发[1993]149号文中“转让该项股权，应按本税目征税”规定已被废止，不再按转让无形资产（或销售不动产）征收营业税。
不动产所有者以不动产投资入股，收取固定收入，不承担投资风险。这种固定收入既可能以投资方利润形式出现，也可能以租金等其他形式出现，名目多种多样。这实质上是一定时期转让不动产使用权行为。尽管投资者取得的固定收入往往以“利润”名目出现，但由于投资者的收入并不随所投资项目利润的增减而变化，因而性质上属于租金收入，应按“服务业”税目中“租赁”项目征收营业税。
二、土地增值税
《财政部 国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字[1995]48号,以下简称“财税字[1995]48号）文规定“对于以房地产进行投资、联营的，投资、联营的一方以土地（房地产）作价入股进行投资或作为联营条件，将房地产转让到所投资、联营的企业中时，暂免征收土地增值税。对投资、联营企业将上述房地产再转让的，应征收土地增值税。”“对投资、联营企业将上述房地产再转让的，应征收土地增值税”是针对被投资人再转让的行为，被投资人转让房地产应当征收土地增值税，与投资人并无关系。
但随着房地产开发市场的发展，被投资人将投资人的土地用于房地产的开发，已彻底改变了土地用于被投资人生产经营的初衷。为公平税负，针对将投资的土地用于房地产开发的新情况，国家对改变土地用途的土地增值税政策进行了相应的调整。即《财政部 国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税[2006]21号，以下简称“财税[2006]21号”）文第五条规定“对于以土地（房地产）作价入股进行投资或联营的，凡所投资、联营的企业从事房地产开发的，或者房地产开发企业以其建造的商品房进行投资和联营的，均不适用财税字[1995]48号第一条暂免征收土地增值税的规定。”
也就是说，对以土地投资入股的，如果被投资、联营的企业将投资的土地用于进行房地产开发的，不仅被投资人将所开发的房地产再转让应当缴纳土地增值税，同时，对以土地进行投资的投资人在以土地投资时也应当征收土地增值税；对以房产进行投资、联营的，暂免征土地增值税，但不包括房地产开发企业，房地产开发企业以其建造的商品房进行投资和联营的，仍应当按规定缴纳土地增值税。
在该政策的执行时限上，财税[2006]21号文明确规定“本文自2006年3月2日起执行。”也就是说，对2006年3月2日以后发生的，以土地投资、联营的，如果被投资、联营的企业从事房地产开发的，被投资人和以土地投资的投资人均应当缴纳土地增值税；如果被投资、联营的企业为非从事房地产开发的或者说被投资、联营的企业并非将土地用于房地产开发的，仍应暂免征收土地增值税。
但对2006年3月2日以前发生的，以土地作价投资、联营的，不论所投资的土地是否是用于房地产开发，均暂免征收。以及对2006年3月2日以前发生的，以土地作价投资、联营的，土地用于房地产开发发生在2006年3月2日以后的，其土地增值税仍应当暂免征收。因为土地增值税是投资人投资入股的当时发生纳税义务，而财税字[1995]48号文已明确规定是暂免征收，所以，对2006年3月2日以前投资、联营的土地，不论是在2006年3月2日以前还是2006年3月2日以后用于房地产开发，其土地增值税均暂免征收。
三、企业所得税
企业以房地产进行投资的，根据《国家税务总局关于股权投资业务若干所得税问题的通知》（国税发[2000]118号）文规定：企业以经营活动的部分非货币性资产对外投资，应在投资交易发生时，将其分解为按公允价值销售有关非货币性资产和投资两项经济业务进行所得税处理，并按规定计算确认资产转让所得或损失。
资产转让所得如数额较大，在一个纳税年度确认实现缴纳企业所得税确有困难的，报经税务机关批准，可作为递延所得，在投资交易发生当期及随后不超过5个纳税年度内平均摊转到各年的应纳税所得中。
企业对外投资的房地产在对外转让或处置前不能税前扣除，在转让、处置时，投资的成本可自取得的财产转让收入中减除，据以计算财产转让所得或损失。
四、印花税
企业以房地产进行投资业务，其实质上是反映转让房地产和以房地产投资双重经济行为。因公司法规定，投资人以房产、土地作为投资的，房产、土地应当办理转移手续，将房产、土地转让到所投资、联营的企业中。根据印花税规定，财产所有权的转移应当按“产权转移书据”税目征收印花税，其计税价格应当按评估机构评估价为依据。
