国税函〔2010〕220号文件第(一)款、第(二)款规定：(一)财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。其他房地产开发费用，在按照“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的5%以内计算扣除。(二)凡不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，房地产开发费用在按“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的10%以内计算扣除。全部使用自有资金，没有利息支出的，按照以上方法扣除。上述具体适用的比例按省级人民政府此前规定的比例执行。(三)房地产开发企业既向金融机构借款，又有其他借款的，其房地产开发费用计算扣除时不能同时适用本条(一)、(二)项所述两种办法。(四)土地增值税清算时，已经计入房地产开发成本的利息支出，应调整至财务费用中计算扣除。
第三条(一)、(二)的规定与《土地增值税暂行条例实施细则》规定一致，细则第七条三款规定：财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额，其他房地产开发费用，按本条(一)、(二)项法规计算的金额之和的5%以内计算扣除。凡不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，房地产开发费用按本条(一)、(二)项法规计算的金额之和的10%以内计算扣除。
开发商开发成本或者财务费用中，均未有利息支出，全部使用自由资金，或者是一些民间借贷资金不方便入账，那么利息支出的扣除可以适用“全部使用自有资金，没有利息支出的，按照以上方法扣除”的规定。该规定相当于对于某些省市强调的没有利息支出，仅允许扣除开发费用5%的规定做了纠正。开发商既向金融机构借款，又有其他单位借款的，其房地产开发费用计算扣除时不能同时适用本条(一)、(二)项所述两种办法。但实际上一般还是选择第二种方法，除非其他借款利息较少，金融机构借款利息支出远远高于5%。开发成本会计科目设置一般将项目开发资本化利息支出计入“开发间接费用”核算，土地增值税清算时，此部分利息支出应先调减开发成本，而后与财务费用中利息支出加总，再适用上述的计算办法。
例如，某项目取得土地使用权成本为2000万元，开发成本1000万元，其中开发成本—— —开发间接费用中利息支出20万元，财务费用—— —利息支出10万元，则计入土地增值税扣除项目的开发成本为1000-20=980万元，按照第一种方式计算可扣除开发费用
(20+10)+(2000+1000-20)×5%=179(万元)。按照第二种方式计算可扣除开发费用(2000+1000-20)×10%=298(万元)。
房地产开发企业取得土地使用权时支付的契税的扣除问题
房地产开发企业为取得土地使用权所支付的契税，应视同“按国家统一规定交纳的有关费用”，计入“取得土地使用权所支付的金额”中扣除。
土地增值税暂行条例规定，取得土地使用权所支付的金额，是指纳税人为取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一法规缴纳的有关费用。国税发〔2009〕91号文件的附件清算表样“取得土地使用权所支付的金额”列举了以下内容：支付土地价款支付情况包括支付的土地出让金、支付地价款金额、缴纳的有关税费。支付土地征用费用情况包括土地征用费用、耕地占用税、劳动力安置费、安置动迁用房支出、拆迁补偿款等。虽然没有明确契税是否有关税费。但是土地出让要缴纳的税金除耕地占用税外主要就是契税了。有人认为契税不能列为扣除项目扣除，这次国税函〔2010〕220号文件给予了彻底明确。
关于转让旧房准予扣除项目的加计问题
《财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》(财税〔2006〕21号)第二条第一款规定“纳税人转让旧房及建筑物，凡不能取得评估价格，但能提供购房发票的，经当地税务部门确认，《条例》第六条第(一)、(三)项规定的扣除项目的金额，可按发票所载金额并从购买年度起至转让年度止每年加计5%计算”。计算扣除项目时“每年”按购房发票所载日期起至售房发票开具之日止，每满12个月计一年;超过一年，未满12个月但超过6个月的，可以视同为一年。
国税函〔2010〕220号文件对于财税〔2006〕21号文件给出了具体的计算方式，那就是不按公历年度计算，算实际天数，最后一年不满12个月，但超过6个月，视同一年计算。对于转让旧房的土地增值税政策，还有近期发布的《关于城市和国有工矿棚户区改造项目有关税收优惠政策的通知》(财税〔2010〕42号文)，该通知规定，企事业单位、社会团体以及其他组织转让旧房作为改造安置住房房源且增值额未超过扣除项目金额20%的，免征土地增值税。且没有再强调是否为普通住宅。
房地产开发企业未支付的质量保证金，其扣除项目金额的确定问题
国税函〔2010〕220号文件开先河地对未支付的质量保证金的扣除问题进行了明确：房地产开发企业在工程竣工验收后，根据合同约定，扣留建筑安装施工企业一定比例的工程款，作为开发项目的质量保证金，在计算土地增值税时，建筑安装施工企业就质量保证金对房地产开发企业开具发票的，按发票所载金额予以扣除;未开具发票的，扣留的质保金不得计算扣除。
土地增值税清算与
企业所得税汇算清缴明显的区别之一就是土地增值税较为强势，不考虑企业开发项目的预提成本，开发商工程竣工验收后，应付未付工程款实务中普遍存在，诉讼公堂时有发生，不仅仅是工程质量保证金，大量欠款存在也必然导致施工方拒绝开具发票。开具发票，清算可以扣除且可以加计扣除20%，未开具发票，则不得计算扣除。本规定对于开发商土地增值税清算影响甚巨。
企业所得税处理中允许当期预提成本不超过建造合同总额10%的可以扣除，且即便本期未扣，以后实际发生时仍然允许扣除。而土地增值税一旦清算完毕，以后实际支付工程款索取发票再想追加清算怕是难上加难。要改变这一困境，开发商应尽可能让利于建筑承包商，即便先支付部分税金也可，索取全部发票入账，方可无清算之忧。
房地产企业逾期开发缴纳的土地闲置费的扣除问题
房地产开发企业逾期开发缴纳的土地闲置费不得扣除。
根据国土资源部令〔1999〕第5号《闲置土地处置办法》第二条规定，闲置土地是指土地使用者依法取得土地使用权后，未经原批准用地的人民政府同意，超过规定的期限未动工开发建设的建设用地。
具有下列情形之一的，可以认定为闲置土地：(一)国有土地有偿使用合同或者建设用地批准书未规定动工开发建设日期，自国有土地有偿使用合同生效或者土地行政主管部门建设用地批准书颁发之日起满1年未动工开发建设的;(二)已动工开发建设但开发建设的面积占应动工开发建设总面积不足三分之一或者己投资额占总投资额不足25%且未经批准中止开发建设连续满1年的;(三)法律、行政法规规定的其他情形。对于在城市规划区范围内，以出让等有偿使用方式取得土地使用权进行房地产开发的闲置土地，超过出让合同约定的动工开发日期满1年未动工开发的，可以征收相当于土地使用权出让金20%以下的土地闲置费;满2年未动工开发时，可以无偿收回土地使用权。目前各地方政府均规定有具体的实施办法。收取土地闲置费旨在打消开发商囤地或捂盘而想获得额外收益的意图，从而遏制房价上涨。
国税发〔2006〕31号文件规定，房地产开发企业以出让方式取得土地使用权进行房地产开发的，必须按照土地使用权出让合同约定的土地用途、动工开发期限开发土地。因超过出让合同约定的动工开发日期而缴纳的土地闲置费，计入成本对象的施工成本;因国家无偿收回土地使用权而形成的损失，可作为财产损失按规定进行扣除。国家税务总局《房地产开发经营业务企业所得税处理办法》(国税发〔2009〕31号)发布后，国税发〔2006〕31号文件即失效。但国税发〔2009〕31 号文件对于闲置土地费处理基本继承了原文件精神。国税发〔2009〕31号文件第二十二条规定，企业因国家无偿收回土地使用权而形成的损失，可作为财产损失按有关规定在税前扣除。第二十七条开发产品计税成本支出—— —土地征用费及拆迁补偿费指为取得土地开发使用权(或开发权)而发生的各项费用，主要包括土地买价或出让金、大市政配套费、契税、耕地占用税、土地使用费、土地闲置费、土地变更用途和超面积补交补交的地价及相关税费、拆迁补偿支出、安置及动迁支出、回迁房建造支出、农作物补偿费、危房补偿费等。
据以上规定，按照税务处理，土地闲置费计入开发成本，收回土地造成的损失可作为财产损失企业所得税前扣除。国税函〔2010〕220号文件这次明确土地闲置费不得土地增值税税前扣除。这又成为房地产企业所得税与土地增值税的一大区别。
