对于第二条规定，有人认为也应该受第一条规定的比例限制，原因是为了防止支付利息的企业无限制地支付利息，从而抵消企业利润，造成少缴纳所得税的现象，也就是防止资本弱化。咨询员解释道，文件的本意是，企业从关联方取得的债权性投资，只要符合第二条规定，是不受第一条比例限制的。《企业所得税法》第四十一条规定，企业与其关联方之间的业务往来，不符合独立交易原则而减少企业或者其关联方应纳税收入或者所得额的，税务机关有权按照合理方法调整。也就是说，关联方之间的借款，无论是否在比例之内，都要符合独立交易原则。符合独立交易原则的，则不需要进行纳税调整。从另一个方面理解，在企业正常经营需要借款的情况下，不一定非要规定企业只能从非关联方借款，应该也可以从关联方借款，但只要符合独立交易原则。《企业所得税法实施条例》第一百一十条规定，《企业所得税法》第四十一条所称独立交易原则，是指没有关联关系的交易各方，按照公平成交价格和营业常规进行业务往来遵循的原则。如果企业在不需要借款的情况下，也向关联方借款以此转移利润，则不符合营业常规，不符合独立交易原则，其借款利息支出同样不得税前扣除。
三、实际税负是否按实际执行税率判断。财税[2008]121号文件第二条规定，“或者该企业的实际税负不高于境内关联方的，其实际支付给境内关联方的利息支出，在计算应纳税所得额时准予扣除”。也就是说，不符合独立交易原则的关联方借款利息支出，只要支付方企业的实际税负低于境内关联方的，其利息支出也不受比例限制，其实际支付给境内关联方的利息支出，在计算应纳税所得额时准予扣除。一般来说，企业不会这样处理的，因为低税负企业将利息支付给高税负的企业，则高税负的企业要比低税负的企业多纳税。实际税负即是单位在经营过程当中实际缴纳的税金与收入之比，它不是指理论税负或名义执行税率的高低。如对于税率高的企业，在亏损的情况下，则实际不需要缴纳企业所得税，其实际税负就低；而税率低的企业，在盈利时期其所得税税负就高于高税率的亏损的企业。